Maus ist nicht gleich Maus und Ratte ist nicht gleich Ratte. Zur Beantwortung verschiedener Forschungsfragen werden Mäuse verwendet, die verschiedene genetische Voraussetzung haben. Mäuse tragen von Natur aus bis 80% die gleiche genetische Information in sich wie der Mensch, daher sind sie generell gut dazu geeignet Krankheiten des Menschen abzubilden. Dennoch kann, durch die Änderung der genetischen Information einer Maus, die Abbildung eines menschlichen Krankheitsbilds in der Maus verbessert werden. Forscht man zum Beispiel an einer Krankheit, von der man weiß, dass sie Menschen betrifft, die ein schwaches Immunsystem haben, kann die genetische Information einer Maus so geändert werden, dass sie ebenfalls ein schwaches Immunsystem hat; so kann man die Ähnlichkeit zum Menschen erhöhen und damit die Übertragbarkeit der Ergebnisse auf den Menschen.
Die Zentrale Versuchstierhaltung unterhält ein aufwendiges Zuchtprogramm von Mäusen und Ratten mit veränderten genetischen Informationen. Neben der lückenlosen elektronischen Dokumentation des Zuchtprogramms und aller Tiere in der Haltung, sind alle Tiere über die Haltungskarte am Käfig identifizierbar. Diese Karten geben genaue Auskunft über die Tiere, die sich in dem Käfig befinden (Geburtsdatum, Abstammung etc.). Dazu sind die jeweilig verantwortlichen Personen auf den Karten vermerkt.
Viele Mausstämme werden als Inzuchtmauslinie gehalten, d.h. es erfolgt eine konsequente Bruder-Schwester-Verpaarung zur Erzeugung einer genetisch möglichst homogenen Population. Gleichzeitig gibt es Auszuchtstämme, Hybridstämme und genetisch veränderte Stämme. Zur Züchtung dieser Stämme und Aufrechterhaltung deren genetischen Information sind spezifische Zuchtprotokolle notwendig, deren Details u.a. auf den Käfigkarten festgehalten sind. Weiterhin enthalten die Karten Angaben zur behördlichen Genehmigung der Zuchten sowie zu den für die Haltung und Pflege verantwortlichen Personen.